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Esta linha de investigação pretende contribuir com conhecimento científico para fundamentar o uso sustentável e a conservação da fauna. Em particular pretende-se compreender a relação entre a fauna e seus habitats e como é
que alterações de uso da terra poderão potencialmente afectar aquela relação. No âmbito desta linha tem sido conduzida investigação sobre ecologia e gestão de espécies cinegéticas (e.g. a rôla-comum, Streptopelia turtur), efeitos de alterações de práticas agrícolas em espécies com interesse de conservação (e.g. abetarda Otis tarda e sisão Tetrax tetrax) ou efeitos de herbívoros silvestres na ecologia do sistema (dinâmica da vegetação, nutrientes, produtividade).
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