Ao abrigo dos novos Estatutos do Instituto Superior de Agronomia (publicados no Diário da República N.º 75 (II Série), de 17 de Abril de 2009, decorrentes do RJIES e dos Estatutos da Universidade Técnica de Lisboa, são os seguintes os órgãos de gestão da Escola:

a) O Conselho de Escola;
b) O Presidente;
c) O Conselho de Gestão;
d) O Conselho Científico;
e) O Conselho Pedagógico.

Poderá encontrar abaixo informação sobre cada um destes órgãos, à medida que forem eleitos, bem como sobre os que anteriormente consubstanciaram o Governo da Escola, e continuarão em funções até à eleição e tomada de posse do novo Presidente.

De momento, encontra-se já eleito, desde 5 de Junho de 2009, o Conselho de Escola.