Ao abrigo do nº 2 do Artigo 17º dos Estatutos do Instituto Superior de Agronomia (publicados no Diário da República N.º 75 (II Série), de 17 de Abril de 2009), "o ISA compreende dois Departamentos correspondentes às áreas do conhecimento associadas a “Ciências e Engenharia de Biossistemas” e “Ambiente, Território e Recursos Naturais”."